Ce n’est que deux cents ans plus tard, le 14 juin 1700, que l’église d’Offlanges est de nouveau érigée en église paroissiale par l’archevêque de Besançon, Mgr François-Joseph de Grammont. Il fut alors entrepris de construire une église plus ambitieuse et c’est probablement l’architecte Antoine Malbert, employé à Vesoul, qui dirigea sa construction.
La première pierre du chantier fut posée le 6 juin 1729, comme l’indique une pierre gravée, insérée dans la paroi extérieure de l’abside.

Pierre gravée à l’extérieur de l’abside

Avec son clocher-porche coiffé d'un dôme à l'impériale argenté, l'église d'Offlanges se dresse fièrement au sommet de la colline comme une forteresse couronnant les hauteurs. Le portail en plein cintre s'inscrit dans un encadrement de pilastres toscans surmonté d'une niche où est placée une statuette de la Vierge et de l'Enfant Jésus.
L'édifice possède une large nef que viennent couper en croix latine les deux chapelles formant le transept. Elle possède une voûte élevée dont les arcs doubleaux à caissons sont portés par de riches pilastres de l’ordre composite (variante de l'ordre corinthien).
Une des particularités du bâtiment reste sans conteste sa coupole octogonale sur pendentifs. Constituée de riches éléments en stuc, elle offre un décor intérieur d'une grande valeur architecturale et esthétique.
Des deux chapelles qui forment le transept, l’une au nord-est consacrée au Rosaire, l’autre au sud, se trouve naturellement dédiée à sainte Anne. Cette dernière existait déjà dans l’ancienne église d’Offlanges puisque l’acte de sa fondation est donné dans le livre de la confrérie de Sainte-Anne en date du 26 juillet 1629 ; elle a remplacé l’ancienne chapelle de saint Claude et de saint Antoine.
Le mobilier et les oeuvres d'art présents dans l'église d'Offlanges datent du XVIIIe siècle. Conçus, pour la plupart, pour le nouvel édifice, ils forment un ensemble homogène assez rare pour la région.

Ancienne vue de l'intérieur de l'église

Dans le chœur de l'église s'élève un remarquable retable architecturé associé à deux retables plus modestes placés dans les deux chapelles latérales. Le retable central peint façon « faux marbre » s'élève jusqu'à la voûte du chœur et la toile qui en constitue le centre représente une Assomption de la Vierge, en accord avec le vocable de l'édifice. Entre les pilastres à chapiteau ionique dorés sont placées deux hautes statues de bois peint et doré représentant saint Pierre et saint Paul. Devant le retable central, un autel trapézoïdal, en bois sculpté et doré, supporte un tabernacle en forme de rotonde grecque dont le dôme repose sur des colonnes corinthiennes. Une campagne d'embellissement de l'édifice eut lieu en 1756.
La protection de l'ensemble des éléments mobiliers et artistiques par la conservation des Antiquités et Objets d'Art a commencé en 1956 et elle se poursuit aujourd'hui encore, en témoigne la récente restauration de la chaire à prêcher de la fin du XVIIe siècle. Vers 1960, les abords de l'église ont été modifiés avec la suppression du cimetière et du mur qui l'entourait. Le programme de réfection des parties extérieures fut lancé en 1996-97 et les travaux ont commencé en 2000. La réfection des façades fût faite en 2002. Par arrêté du 28 novembre 2003, l'église d'Offlanges est classée monuments historiques. Le vitrail de la chapelle de sainte Anne a été entièrement restauré fin 2012.

Après la restauration de la toiture (charpente et couverture), le clocher et son beffroi furent déposés au sol, restaurés et retrouvèrent leur emplacement. La restauration de l'intérieur de l'église (sauf pour les retables) a eu lieu en 2016 et 2017.

Intérieur de l’église de l’Assomption avant et après les travaux de restauration

Aujourd'hui, l'église d'Offlanges fait partie du diocèse de Saint-Claude depuis le 6 octobre 1822.